Várias hipóteses se têm aventado para a origem do topónimo Alenquer: Alan-kerk-kana para os túrdulos; Alenen-kerk, Alano-kerk ou Alan-kerk, podendo querer dizer igreja, templo, castelo ou fortaleza dos alanos; Alankana para os suevos; Al-ain-keir ou mesmo El-haquem, para os árabes, querendo dizer, respetivamente, “fonte abençoada” ou “o governador”. 
    
    A versão que nos parece mais provável é, no entanto, a que propõe Joaquim da Silveira, que considera o topónimo proveniente do latim, através do moçárabe. Ao latim iuncarium, ou seja juncal, se aglutinou o artigo árabe (al), resultando al-iunquerio, que, perdendo as vogais finais, segundo tendência dos moçárabes, terá dado Al-iunquer ou Al-unquer, sem que o i se consonantizasse, segundo tendência também moçárabe. 
    
    Nos séculos XII e XIII grafava-se Alanker ou Alankar.